Output_Directory/
├── Analysis_{timestamp}/
| ├── _Basecalled/
| ├── _Barcodes/
| | ├── barcode01/
| | ├── barcode02/
| | ├── barcode03/
| | ├── unclassified/
| | ├── Prefix01.fastq
| | ├── Prefix02.fastq
| | └── Prefix03.fastq
| ├── _AdaperTrimmedFiles/
| | ├── Prefix01_trimmed.fastq
| | ├── Prefix02_trimmed.fastq
| | └── Prefix03_trimmed.fastq
| ├── _FiltedFiles/
| | ├── Prefix01_filted.fastq
| | ├── Prefix02_filted.fastq
| | └── Prefix03_filted.fastq
| ├── _StatFiles/
| | ├── Prefix01_trimmed_stat.txt
| | ├── Prefix02_trimmed_stat.txt
| | ├── Prefix03_trimmed_stat.txt
| | ├── Prefix01_filted_stat.txt
| | ├── Prefix02_filted_stat.txt
| | └── Prefix03_filted_stat.txt
| ├── Prefix01_Assembly/
| | ├── ...
| | └── assembly.fasta
| ├── Prefix02_Assembly/
| | ├── ...
| | └── assembly.fasta
| ├── Prefix03_Assembly/
| | ├── ...
| | └── assembly.fasta
| ├── Prefix01_Polishing/
| | ├── run_Prefix01_busco/
| | | ├── ...
| | | └── full_table_Prefix01_busco.tsv
| | ├── ...
| | └── pilon_1.fasta
| ├── Prefix02_Polishing/
| | ├── run_Prefix02_busco/
| | | ├── ...
| | | └── full_table_Prefix02_busco.tsv
| | ├── ...
| | └── pilon_1.fasta
| ├── Prefix03_Polishing/
| | ├── run_Prefix03_busco/
| | | ├── ...
| | | └── full_table_Prefix03_busco.tsv
| | ├── ...
| | └── pilon_1.fasta
| └── _Logs/
| ├── guppy_basecaller.log
| ├── guppy_barcoder.log
| ├── barcode_rename.log
| ├── Prefix01_trimmed.log
| ├── Prefix02_trimmed.log
| ├── Prefix03_trimmed.log
| ├── Prefix01_filted.log
| ├── Prefix02_filted.log
| ├── Prefix03_filted.log
| ├── Prefix01_assembly.log
| ├── Prefix02_assembly.log
| ├── Prefix03_assembly.log
| ├── Prefix01_polishing_1.log
| ├── Prefix02_polishing_1.log
| ├── Prefix03_polishing_1.log
| ├── Prefix01_busco.log
| ├── Prefix02_busco.log
| └── Prefix03_busco.log
├── pipelineWithLoop_{timestamp}.pbs # Submitted PBS file.
└── userlog_{timestamp}.log # User given parameters.
/home/{$USER}/
├── Ont_Pipeline.e* # Error messages after the run.
└── Ont_Pipeline.o* # Output messages after the run.
/opt/ontpipeline/logs/
├── ...
└── {$USER}_error.log # Error messages if something wrong with the program.