Die Struktur der Eingabedaten

Start von Base Calling

Start die Pipeline von Base Calling.

ONT_Reads_Directory/
├── HPz800_20180821_FAJ18422_MN17776_sequencing_run_VIM4_Janina_26844_read_11_ch_171_strand.fast5
├── HPz800_20180821_FAJ18422_MN17776_sequencing_run_VIM4_Janina_26844_read_11_ch_203_strand.fast5
├── HPz800_20180821_FAJ18422_MN17776_sequencing_run_VIM4_Janina_26844_read_15_ch_344_strand.fast5
├── HPz800_20180821_FAJ18422_MN17776_sequencing_run_VIM4_Janina_26844_read_17_ch_249_strand.fast5
├── HPz800_20180821_FAJ18422_MN17776_sequencing_run_VIM4_Janina_26844_read_19_ch_397_strand.fast5
└── ......

Illumina_Reads_Directory/
├── Präfix01_HQ_1.fastq.gz
├── Präfix01_HQ_2.fastq.gz
├── Präfix02_HQ_1.fastq.gz
├── Präfix02_HQ_2.fastq.gz
├── Präfix03_HQ_1.fastq.gz
├── Präfix03_HQ_2.fastq.gz
└── ......

Bemerkung

• Die Benennungsregeln für jedes Illumina-Reads Paar: Präfix_HQ_1.fastq.gz Präfix_HQ_2.fastq.gz
• „Präfix“ ist der Probenname und das ist identisch für jedes Paar.
• „*“ bedeuted beliebig lange Zeichen.

Warnung

• Unterstrich(‚_‘) ist im Präfix nicht erlaubt.

Start von Demultiplexing

Start die Pipeline von Demultiplexing.

ONT_Reads_Directory/
├── fastq_runid_50a6171cadcfb6b5cb2dae4e75a0ccc05b71e3d8_0.fastq
├── fastq_runid_50a6171cadcfb6b5cb2dae4e75a0ccc05b71e3d8_1.fastq
├── fastq_runid_50a6171cadcfb6b5cb2dae4e75a0ccc05b71e3d8_2.fastq
├── fastq_runid_50a6171cadcfb6b5cb2dae4e75a0ccc05b71e3d8_3.fastq
├── fastq_runid_50a6171cadcfb6b5cb2dae4e75a0ccc05b71e3d8_4.fastq
└── ......

Illumina_Reads_Directory/
├── Präfix01_HQ_1.fastq.gz
├── Präfix01_HQ_2.fastq.gz
├── Präfix02_HQ_1.fastq.gz
├── Präfix02_HQ_2.fastq.gz
├── Präfix03_HQ_1.fastq.gz
├── Präfix03_HQ_2.fastq.gz
└── ......

Start von Reads Filter

Start die Pipeline von Reads Filter.

ONT_Reads_Directory/
├── Präfix01.fastq
├── Präfix02.fastq
├── Präfix03.fastq
├── Präfix04.fastq
├── Präfix05.fastq
└── ......

Illumina_Reads_Directory/
├── Präfix01_HQ_1.fastq.gz
├── Präfix01_HQ_2.fastq.gz
├── Präfix02_HQ_1.fastq.gz
├── Präfix02_HQ_2.fastq.gz
├── Präfix03_HQ_1.fastq.gz
├── Präfix03_HQ_2.fastq.gz
└── ......

Start von Assembly

Start die Pipeline von Assembly.

ONT_Reads_Directory/
├── Präfix01.fastq
├── Präfix02.fastq
├── Präfix03.fastq
├── Präfix04.fastq
├── Präfix05.fastq
└── ......

Illumina_Reads_Directory/
├── Präfix01_HQ_1.fastq.gz
├── Präfix01_HQ_2.fastq.gz
├── Präfix02_HQ_1.fastq.gz
├── Präfix02_HQ_2.fastq.gz
├── Präfix03_HQ_1.fastq.gz
├── Präfix03_HQ_2.fastq.gz
└── ......

Start von Polishing

Start die Pipeline von Polishing.

ONT_Reads_Directory/
├── Präfix01.fasta
├── Präfix02.fasta
├── Präfix03.fasta
├── Präfix04.fasta
├── Präfix05.fasta
└── ......

Illumina_Reads_Directory/
├── Präfix01_HQ_1.fastq.gz
├── Präfix01_HQ_2.fastq.gz
├── Präfix02_HQ_1.fastq.gz
├── Präfix02_HQ_2.fastq.gz
├── Präfix03_HQ_1.fastq.gz
├── Präfix03_HQ_2.fastq.gz
└── ......

Musterblatt(Sample Sheet)

Musterblatt

Probenname	Barcode
Probenname1	barcode01
Probenname2	barcode02
Probenname3	barcode03
Probenname4	barcode04
Probenname5	barcode05

Bemerkung

• Das Dateiformat des Musterblattes ist entweder CSV (Trennzeichen ist das Komma) oder TSV (Trennzeichen ist die Tabulatortaste).
• Die Benennungsregeln für Barcode: barcodeXX („barcode“ kann beliebig Zeichen sein, aber „XX“ muss zweistellig sein,z.B. 01,02,03,…,10,11,12,…)