Reads Filter Einstellung

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Porechop Einstellung [1] (Optional)

Die Optionen für Porechop einzustellen.

Bemerkung

  • „I want to trim adapter“ auszuwählen, wenn Sie Porechop verwenden möchten, um die Adapter der Sequenzen zu trimmen. Standardwert: ausgewählt.
  • „I want to skip splitting reads based on middle adapters“ auszuwählen, wenn Sie keine Sequenz, die sich in der Mitte einen Adapter befindet, teilen möchten. Standardwert: nicht ausgewählt.

Read Score(Read Score) [2] (Erfordlich)

Einer durchschnittlichen Mindestwert für die Readqualität einzugeben, um die Reads zu filtern.

Bemerkung

  • Standardwert: 9.

Readlänge(Read Length) [2] (Erfordlich)

Eine minimale Readlänge einzugeben, um die Reads zu filtern.

Bemerkung

  • Standardwert: 500.

Kopf trimmen(Head Crop) [2] (Erfordlich)

Anzahl der Nukleotide, die ab dem Beginn des Reads geschnitten werden sollen, einzugeben.

Bemerkung

  • Standardwert: 50.
[1]Porechop https://github.com/rrwick/Porechop
[2](1, 2) NanoFilt https://github.com/wdecoster/nanofilt