Output_Directory/
├── Analysis_{Zeitstempel}/
| ├── Basecalled/
| ├── Barcodes/
| | ├── barcode01/
| | ├── barcode02/
| | ├── barcode03/
| | ├── unclassified/
| | ├── Präfix01.fastq
| | ├── Präfix02.fastq
| | └── Präfix03.fastq
| ├── AdaperTrimmedFiles/
| | ├── Präfix01_trimmed.fastq
| | ├── Präfix02_trimmed.fastq
| | └── Präfix03_trimmed.fastq
| ├── FiltedFiles/
| | ├── Präfix01_filted.fastq
| | ├── Präfix02_filted.fastq
| | └── Präfix03_filted.fastq
| ├── StatFiles/
| | ├── Präfix01_trimmed_stat.txt
| | ├── Präfix02_trimmed_stat.txt
| | ├── Präfix03_trimmed_stat.txt
| | ├── Präfix01_filted_stat.txt
| | ├── Präfix02_filted_stat.txt
| | └── Präfix03_filted_stat.txt
| ├── Präfix01_Assembly/
| | ├── ...
| | └── assembly.fasta
| ├── Präfix02_Assembly/
| | ├── ...
| | └── assembly.fasta
| ├── Präfix03_Assembly/
| | ├── ...
| | └── assembly.fasta
| ├── Präfix01_Polishing/
| | ├── run_Präfix01_busco/
| | | ├── ...
| | | └── full_table_Präfix01_busco.tsv
| | ├── ...
| | └── pilon_1.fasta
| ├── Präfix02_Polishing/
| | ├── run_Präfix02_busco/
| | | ├── ...
| | | └── full_table_Präfix02_busco.tsv
| | ├── ...
| | └── pilon_1.fasta
| ├── Präfix03_Polishing/
| | ├── run_Präfix03_busco/
| | | ├── ...
| | | └── full_table_Präfix03_busco.tsv
| | ├── ...
| | └── pilon_1.fasta
| └── Logs/
| ├── guppy_basecaller.log
| ├── guppy_barcoder.log
| ├── Präfix01_trimmed.log
| ├── Präfix02_trimmed.log
| ├── Präfix03_trimmed.log
| ├── Präfix01_filted.log
| ├── Präfix02_filted.log
| ├── Präfix03_filted.log
| ├── Präfix01_assembly.log
| ├── Präfix02_assembly.log
| ├── Präfix03_assembly.log
| ├── Präfix01_polishing_1.log
| ├── Präfix02_polishing_1.log
| ├── Präfix03_polishing_1.log
| ├── Präfix01_busco.log
| ├── Präfix02_busco.log
| └── Präfix03_busco.log
├── pipelineWithLoop_{Zeitstempel}.pbs # Übermittelte PBS-Datei.
└── userlog_{Zeitstempel}.log # Vom Benutzer angegebene Parameter.
/home/{$USER}/
├── Ont_Pipeline.e* # Fehlermeldungen in dem Lauf.
└── Ont_Pipeline.o* # Nachrichten in dem Lauf.
/opt/ontpipeline/logs/
├── ...
└── {$USER}_error.log # Fehlermeldungen für das Java-Programm.